V roce 1995 se většinovým vlastníkem Chemoprojektu stala francouzská firma Krebs. V roce 2000 se 100% vlastníkem firmy Krebs stala francouzská společnost TECHNIP. V roce 2001 se Chemoprojekt stal členem Technip Group.                     

V lednu 2002 došlo ke změně vlastníků společnosti. Většinovým vlastníkem se stala SAFINA, a.s., menšinové podíly vlastnili UNIS, spol. s r.o. a Cheminvex, s.r.o. 

V současné době vlastní SAFINA, a.s., jejíž hlavní náplní je zpracování drahých kovů a jejich využití  v průmyslu, 98,41% akcií Chemoprojektu.  

Chemoprojekt, a.s. je absolutním vlastníkem společností Technoexport, a.s. and VUAB Pharma a.s.